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  [No.1578] R描画のエラー 投稿者:MURAKI  投稿日:2014/02/20(Thu) 16:19:27

樋口先生
お世話になります。


抽出語、コードともに、一部の分析メニューを実行すると
添付の画像のようなエラーが出てきます。

これまで試したところですと、以下のような状況でした。

対応分析:動作可。ただし外部変数を用いると不可
     (推定または描画ができませんでしたと表示されます)。
クラスタ:動作可。
多次元尺度法:動作可。
共起ネットワーク:いずれも動作せず
自己組織化マップ:いずれも動作せず

*クロス集計:外部変数の集計は可能

No.1422のようにRとの連携部分かと思い、クロス集計等実施し、
output等確認してみましたが、いずれも正常に機能しておりました。

類似の現象がNo.1491にもありましたが、バグの影響なのでしょうか。
恐れ入りますが、お教えいただけますと幸いです。

※ちなみにVer. 2.Beta.30hを入れています。


  [No.1579] Re: R描画のエラー 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/02/20(Thu) 16:52:36

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

一部の多変量解析のみエラーになるというのは、少しめずらしいケースですね。

ちなみに、チュートリアルの「kokoro2.txt」で共起ネットワークを作成して
いただくといかがでしょうか? 手順はこちらにございます:
http://www.slideshare.net/khcoder/kh-coder-28776074

また、こちらの手順で、外部変数を使った対応分析を行っていただくといかが
でしょうか?
http://www.slideshare.net/khcoder/data-preparation-for-kh-coder
※「child-text.txt」「child-variables.csv」などの必要なファイルは、
「tutorial_jp\data_preparation」フォルダに同梱してあります。

こうした添付のファイルでも上手くいかない場合は、インストール状況やウイ
ルス対策ソフトなどの環境に起因する問題かもしれません。一方で、これらの
ファイルで上手くいく場合には、ファイルに何らかの原因があるのかもしれま
せん。


  [No.1580] Re: R描画のエラー 投稿者:MURAKI  投稿日:2014/02/21(Fri) 15:25:32

樋口先生

ご回答ありがとうございます。

ご案内いただいたチュートリアルデータを用いて実行してみたところ、
外部変数を用いた対応分析、共起ネットワーク、自己組織化マップも実行できました
(先に試してからご相談すべきでした…失礼いたしました)。

したがって、取り込んだファイルに原因があるようですので、
取り込み直して今一度確認してみます。

ありがとうございました。


  [No.1581] Re: R描画のエラー 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/02/21(Fri) 17:07:27

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

ご自身のファイルの前処理を実行する前に、「分析対象ファイルのチェック」
を行ってみると良いかもしれません。

あとは、ファイルが大きすぎる場合には、Rが「メモリーを確保するのに失敗
した」という主旨のエラーを出す場合があります。私が実際に試したことが
あるのは、この程度のサイズまでです:
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#d-size-time

ひとまず思いつくのは以上のようなところでしょうか。


  [No.1583] Re: R描画のエラー 投稿者:MURAKI  投稿日:2014/02/21(Fri) 18:33:11

樋口先生

早速のご連絡ありがとうございます。

一度分析対象ファイルのチェックはしていたのですが、
検証してみたところ、絵文字画像のURLが混入しており、
これを除くと正常に動くようになりました(これが原因かは分かりませんが)。

データ量としては大きくはなかったため、
ご案内いただいたケースには当たりませんでしたが、
今後の参考にさせていただきます。


  [No.1586] Re: R描画のエラー 投稿者:MURAKI  投稿日:2014/02/25(Tue) 13:12:47

樋口先生


たびたび恐れ入ります。

以前のデータとは別のもので、改めてデータセットを作成いたしましたところ、
今度は共起ネットワークだけが、出来る場合と出来ない場合が見られるようになりました。

300件ほどのアンケートデータ(32KBほど)なのですが、

・サンプル単位で、最小出現数を3にする
・関連語検索から共起を選択

という場合には描画ができ、

・サンプル単位で最小出現数を2にする(上記3の設定を2に変更しました)
という場合には出来ませんでした。


描画エラーのダイアログが出たあと、下記のようなメッセージが出ましたので、念のため掲載いたします。
-------------------------------------------------
--- Begin Traceback ---
Can't use string ("0") as a HASH ref while "strict refs" in use at /<C:\khcoder\kh_coder.exe>plotR/network.pm line 291.

plotR::network::new at /<C:\khcoder\kh_coder.exe>plotR/network.pm line 291
gui_window::word_netgraph::calc at /<C:\khcoder\kh_coder.exe>gui_window/word_netgraph.pm line 362
gui_window::word_netgraph::__ANON__ at /<C:\khcoder\kh_coder.exe>gui_window/word_netgraph.pm line 139
Tk callback for .toplevel2.button1
Tk::__ANON__ at /<C:\khcoder\kh_coder.exe>Tk.pm line 250
Tk::Button::butUp at /<C:\khcoder\kh_coder.exe>Tk/Button.pm line 175
<ButtonRelease-1>
(command bound to event)
-------------------------------------------------

ただ今回の動作で、
最小出現数を3⇒2に変えたことで描画が止まったということは、
品詞別抽出語リストで出現数が2以下の文字で、
エラーを引き起こす可能性のあるものが含まれている、ということになるのでしょうか。


恐れ入りますが、ご教示いただけますと幸いです。


  [No.1587] Re: R描画のエラー 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/02/25(Tue) 22:33:45

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

(1) 念のための確認ですが、「前処理」メニューの「分析対象ファイルのチェ
ック」は実行なさったでしょうか。

(2) それから、描画のエラーが表示される場合、最初に表示されるエラーがも
っとも重要です。最小に表示されるエラーの内容か、スクリーンショットを貼
っていただけますと、もしかすると手がかりになるかもしれません。

あとは、一般論としてですが、最小出現数が2ないし3というのはかなり少ない
ですね。2回出現している語Aと語Bが、2回とも一緒に出現(同じ回答内に出現
)したとすると、それだけでAとBの共起の確率が100%となる(最高に強い共起
関係にあると見なされる)点にご留意ください。

※それはそれとして、どうしてエラーが出るのか究明したいところではあるの
ですが。


  [No.1588] Re: R描画のエラー 投稿者:MURAKI  投稿日:2014/02/26(Wed) 16:51:01

Re: R描画のエラー (画像サイズ: 1458×631 402kB)


樋口先生


ご連絡ありがとうございます。

> (1) 念のための確認ですが、「前処理」メニューの「分析対象ファイルのチェ
> ック」は実行なさったでしょうか。
⇒はい、チェックは実施し、自動修正後、既知の問題は発見されないというメッセージは出ています。

> (2) それから、描画のエラーが表示される場合、最初に表示されるエラーがも
> っとも重要です。最小に表示されるエラーの内容か、スクリーンショットを貼
> っていただけますと、もしかすると手がかりになるかもしれません。
⇒スクリーンショットを添付いたします。
 実行すると、まずR for Windows terminal front-endのエラーが表示され、
 KHCoder、Error in kh_coderの順に表示されています。

 エラー出現の条件が特定できておらず申し訳ありませんが、
 今回は最小出現数5で指定してみてもやはりエラーが出てしまいました。
 描画数を減らしても同様です。

 …と思い、出現数がいくつならエラーが出ず、いくつから出るのかを再度確認していたところ、
 20、15、10と減らしていくといずれも描画できたのですが、
 何故か今5でも描画出来てしまいました。
 3でも実行しましたがこちらではフリーズしてしまいました(が、エラーダイアログが出てきません)。
 
 描画数は60、それ以外はデフォルトのまま、特に条件は変えていないのですが。。

 ちなみにコンソールの最後には以下のログがずらっと並んでいます。
 Statistics::R::Bridge::pipe::read_processR, Sleep and Retry!


> あとは、一般論としてですが、最小出現数が2ないし3というのはかなり少ない
> ですね。2回出現している語Aと語Bが、2回とも一緒に出現(同じ回答内に出現
> )したとすると、それだけでAとBの共起の確率が100%となる(最高に強い共起
> 関係にあると見なされる)点にご留意ください。

ご指摘ありがとうございます。
こちらは意味を履き違えて考えておりました。


  [No.1589] Re: R描画のエラー 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/02/26(Wed) 17:35:17

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> まずR for Windows terminal front-endのエラーが

KH Coderは、共起ネットワーク作成のような多変量解析・可視化に「R」とい
うソフトを使用しています。このRが、エラーメッセージを表示せずに、異常
終了してしまっているようです。

原因がよく分からないのですが、まずご確認いただければと思うのは、以下の
ような点でしょうか。

KH Coder起動時のコンソール画面を見ていただいて、「R Version:」箇所のバ
ージョン番号が2.12になっているかご確認ください。もし2.12でなかった場合、
KH Coderを一度フォルダごと削除して再インストールしていただくと、2.12に
なると思います。

そして「最小出現数」以外の共起ネットワークの設定は、ひとまずデフォルト
のままお試しください。KH Coderを再起動すると、デフォルト設定に戻ります。

また、ウイルス対策ソフトが動いている場合には、これを一時的に無効にして
お試しいただくと良いかもしれません。

うーん、ひとまず思いつくのは以上のようなところでしょうか。

こういった点で解決しない場合、データを見せていただかないと、ちょっと難
しいかもしれません。もし可能でしたら、データと、エラーを再現する手順を
メールでお送りいただければ、こちらの環境でも再現するかどうか、対策を立
てられそうかどうか、検討させていただきます。

なお、最小出現数を5〜10以上に設定すれば分析ができるということでしたら、
バグの追及に必ずしもお付き合いいただかなくとも、ひとまずそのまま分析を
続けられるのが効率的かもしれません。


  [No.1590] Re: R描画のエラー 投稿者:MURAKI  投稿日:2014/02/28(Fri) 18:34:01

樋口先生


度々恐れ入ります。

>R Version:」箇所
バージョン番号は2.12でした。

> そして「最小出現数」以外の共起ネットワークの設定は、ひとまずデフォルト
> のままお試しください。KH Coderを再起動すると、デフォルト設定に戻ります。
> また、ウイルス対策ソフトが動いている場合には、これを一時的に無効にして
> お試しいただくと良いかもしれません。
やはりデフォルト設定でも、現状では実行できない状態でした
(おそらく前回実行できた時にはデフォルト設定だったと思うのですが、
 出来る時と出来ない時の違いが確認できておりません)。

ちなみに、出来るときもウィルス対策ソフトは動いています。
セキュリティソフトを無効にしてみようと思ったのですが、
どうもシステム管理者マターでないと無効にできないようですので、
こちらは出来次第確認してみます
(もっともR自体のブリッジは一部で確認が出来ているので、
 この問題である可能性は低いかもしれません)。


> こういった点で解決しない場合、データを見せていただかないと、ちょっと難
> しいかもしれません。もし可能でしたら、データと、エラーを再現する手順を
> メールでお送りいただければ、こちらの環境でも再現するかどうか、対策を立
> てられそうかどうか、検討させていただきます。

承知いたしました。
データをお送りできるか確認し、可能であればご確認いただければと存じます
(少々時間がかかるやもしれません)。

出来る状態と出来ない状態が分かりませんが、ひとまず試しつつ分析を続けさせていただきます。
ご回答ありがとうございます。


  [No.1591] Re: デバッグ用データ 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/02/28(Fri) 22:54:02

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

うーん、ちょっと、掲示板でのやりとりだけでは難しいかもしれません。

生データは無理でも、もし、「文書×抽出語」表データをご提供いただくこと
が可能でしたら、こちらで問題の再現性をチェックして対応の可否を検討する
ことができます。具体的には、以下のような手順で、デバッグ用データを作成
・送付いただければ、こちらでチェックさせていただきます。

1. 分析対象ファイルがある場所に「coder_data」というフォルダがあり、こ
のフォルダには自動生成された一時ファイルが保存されています。もしこのフ
ォルダ内にご自身でファイルを保存されている場合は、それらのファイルをバ
ックアップしてください。そして、このフォルダの中身をすべて削除して、フ
ォルダを空にします。

2. KH Coderを終了して、kh_coder.exeがある場所から見て「config\coder.in
i」というファイルを秀丸のようなテキストエディタで開きます。そして「r_p
lot_debug 0」となっている行の「0」を「1」に変更して上書き保存します。

3. KH Coderを起動して、エラーとなる処理(今回は共起ネットワーク作成)
を行ないます。

4. エラーが出たら、先の「coder_data」フォルダの内容を確認してください。
KH CoderがRに実行させようしたRコマンドのファイル(*.r)と、(成功した
分については)Rが出力したプロット画像(*.png)が保存されています。

ここで、「coder_data」フォルダの内容をすべてお送りいただければ、こちら
でのチェックが可能です。どのコマンドをRに実行させようとした時に、Rが落
ちてしまったのかを見ることで、対応を考えられるかもしれません。

お送りいただくことが難しい場合も、いくつかは描画に成功したプロット画像
がある場合、それらの画像のファイル名をお教えいただければ、ヒントになる
かもしれません。ただ、前回の実行時に成功したファイルが残っていると紛ら
わしいので、一回ごとに「coder_data」フォルダ中を空にしてお試しいただく
のが分かりやすいかと思います。

以上、生データのご提供は難しいけれど、途中経過データ(「文書×抽出語」
表データ)ならばご提供いただける場合には、ご検討いただけましたら幸いで
す。


  [No.1592] Re: 共起ネットワーク作成時にRが終了してしまう場合 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2014/03/03(Mon) 16:12:57

こんにちは、樋口です。デバッグ用データをお送りいただき大変ありがとうご
ざいます。おかげさまで原因を特定することができました。

共起ネットワーク作成時に、「R for Windows terminal front-endは動作を停
止しました」というようなWindowsのエラーが表示され、その後KH Coderもエ
ラーを出すという場合があります。Windows 7では、No.1588に投稿していただ
いたスクリーンショットのような表示になります。
http://koichi.nihon.to/cgi-bin/bbs_khn/khcf.cgi?&no=1588&reno=1587&oya=1578&mode=msgview

これは、KH Coderに同梱している古いバージョンのigraphパッケージのバグで、
データ構造が何らかの条件にあてはまる場合にこの事象が発生するようです。
この問題に出くわした場合も、「最小出現数」のようなオプションを変更すれ
ば、データ構造が「何らかの条件」から外れて、共起ネットワークを作成でき
る場合があります。

それでも上手くいかなかったり、あるいは、「最小出現数」のようなオプショ
ンを変更したくない場合には、igraphパッケージを新しいものに入れ替えると
いう対処が有効です。igraphパッケージを更新する手順は以下の通りです。

(1) kh_coder.exeの場所から見て「dep\R\library」フォルダを開くと、その
中に「igraph」というフォルダがあります。この「igraph」フォルダの名前を
「igraph_org」のように変更します。
(2) そして、新しいipraphパッケージのzipファイルをダウンロードして、そ
の中の「igraph」フォルダを「dep\R\library」の中にコピーします。新しいi
praphパッケージとしては0.6系と0.7系がありますが、0.7は出たばかりなので、
ひとまず0.6系が安全かもしれません。
http://essrc.hyogo-u.ac.jp/cran/bin/windows/contrib/2.14/igraph_0.6.5-1.zip

この対処を行なっていただけば、おそらく、正常に共起ネットワークが表示さ
れるかと思います。

※1 igraphとは、共起ネットワーク作成時にKH Coderが利用しているRのパッ
ケージです。

※2 igraphパッケージを更新すると、配置アルゴリズムも改良されているため、
共起ネットワークの配置が旧バージョンと異なる形になります。これは、配置
が換わるだけであって、どの語とどの語が線でつながっているかといった本質
的な結果は同じです。

ただ、一見すると「分析結果が変わった」ように見えなくもないので、この点
で、KH Coder同梱のigraphを更新することをこれまで躊躇していました。しか
し、そろそろ、更新を考えるべきかもしれません。


  [No.1593] Re: 共起ネットワーク作成時にRが終了してしまう場合 投稿者:MURAKI  投稿日:2014/03/03(Mon) 17:19:56

樋口先生

ご案内いただきました対処方法にて、
無事共起ネットワークの出力が安定するようになりました。

ご対応まことにありがとうございました。